菅義偉首相は、10月1日に日本学術会議の新会員を任命した。その際に、日本学術会議推薦の105名のうち、小沢隆一氏、岡田正則氏、加藤陽子氏ら6名の研究者を任命しなかった。任命拒否の理由は明らかにされていないが、安保法制などに反対を表明したことなどから現政権に批判的な者を排除したものと推察される。今回の任命拒否は、学問の自由の保障という憲法第23条の規定に反する政府による学術への介入である。首都圏大学非常勤講師組合は、菅首相による日本学術会議の推薦する会員の任命拒否に抗議し、任命拒否の理由を明らかにするとともに、6名の任命拒否を撤回し、同会議会員に任命することを求める。